建文帝生性优柔寡断。燕王还未公开造反时，曾到应天朝见，态度傲慢，不肯跪拜。有大臣建议以此为借口，将他抓住，迁到江西南昌，将战争消灭在没有爆发之前。建文帝却说：“我们是至亲骨肉，不必追究。”放过了他。开战后，建文帝又嘱咐不要杀死燕王，不要让自己背上杀害叔父的罪名。这就大大捆绑住官兵的手脚，燕王几次濒临绝境，都因南军不敢直接伤害他而逃离险境。

　　双方在河北、山东、河南、江西、安徽之间来来回回，打了三年，互有胜败。

　　公元1402年，战争出现了转折。燕王大军南下，直扑应天。建文帝所重用的齐泰、黄子澄等人，忠心有余，韬略不足，此时，朝廷方面力量差不多耗尽，文武官员纷纷外逃，京城守备空虚。建文帝无可奈何，只得撤了齐泰、黄子澄的职，又答应将长江以北划给燕王，要求停战。但燕王不肯息兵。

　　南北军在安徽凤阳附近的齐眉山打了一场恶仗。北军一度坚持不住，想退兵。燕王激励说：“大决战的时候到了，诸军将士许进不许退!违令者斩!”

　　燕王又派兵袭击南军的粮道，彻底打败了南军。北军长驱直入，围困京城。

　　南军大将李景隆打开金川门投降。燕王进城直奔皇宫而去。可是，皇宫已经燃起熊熊烈火。

　　那火是建文帝放的。有人说，建文帝与他的后妃都跳进火中烧死了;有人说，建文帝在混乱之中换了服装，逃出了京城。总之，不见了他的踪迹。

　　朱棣终于夺得了皇位。第二年，改年号为永乐。他就是明成祖。

　　齐泰、黄子澄、方孝儒等大批帮助建文帝的大臣被逮捕，遭残酷处死，并诛灭九族，鲜血再一次溅洒应天城。