朱棣听到太祖去世，不顾禁令，强行到应天参加葬礼。走到半路，被建文帝派人阻止。

　　朱棣回到北平，异常愤怒。他一面与各亲王串连，对抗朝廷，一面招兵买马，吸纳人才，加紧练兵，壮大他的武装。

　　建文帝找到黄子澄，问对付的办法。黄子澄说：“请陛下放心，照当初我对陛下说的办就是了。”

　　黄子澄找大臣齐泰商议。齐泰要直接抓捕燕王。黄子澄说燕王势力大，不易下手。不如先逮捕其他亲王，削弱反抗势力，再抓他就会容易得多。两人统一了意见，并征得建文帝的同意。于是，周王等几家亲王首先被抓了起来。

　　为侦察燕王行动，黄子澄又向北平派出了忠于朝廷的高级官员，并调派重兵，加强防范。还在燕王府中安插内应，密切监视。

　　燕王为争取时间，装起疯来：满街乱跑乱叫，抢人家的酒吃，颠三倒四乱说话。又整天昏睡泥地，大热天里围炉烤火。

　　齐泰不信燕王真疯。他逮捕了一个燕王府军官，了解到燕王即将起兵造反，立即指派北平最高军政长官张、谢贵带重兵围住燕王府，说是逮捕府中图谋不轨的官员。同时密令北平都指挥张信逮捕燕王。

　　然而燕王接到张信告密，决心立即起兵。他假装答应交出府中密谋造反的官员，将张、谢贵二人引诱到府中杀死，清除了朝廷安置在他府中的内应，立即迅速占领整个北平，举起了反叛的大旗。

　　朱棣宣告，起兵是为了清除皇帝身边的奸贼，是“靖难”，也就是平定内乱。这次战争，被称为“靖难之役”，实质上是叔侄间争夺皇位的战争。

　　建文帝以朝廷的名义，调派军队对叛军实行征讨。朝廷军队(南军)依仗人数众多，财力丰厚，战争的初期，多占优势，几度打到北平城下。但燕军(北军)久经战斗，战斗力强，燕王自己又很会打仗，南军不但没有攻下北平，反而多次被打得大败，损失惨重，北军开始南下。