随着国家资源的输入，乡村社会中出现了一个全新的结构，这个结构就是地方政府与地方势力的结盟。在面对外来资源时，一方面，客观上必须以这些精英作为代理来承接;另一方面，乡村内部则出现了大部分收益都被大农户和精英占有的大户治理、“大农吃小农”型的合作。乡村社会普遍出现了“精英俘获”侵蚀公共利益的问题。取消农业税前，乡镇深度介入农业生产和农村公共事务之中，因为这是完成各种税费和提留任务的前提。取消农业税后，国家不再收取农业税费，乡镇不再从农村提取资源，乡镇因此退出农村公共事务和农业生产事务。乡镇关心的不再是农业发展，而是如何将资源储存起来，用于发展经济和提升业绩。

　　农村税费改革后，乡村与农民的关系也发生了重要的变化。一方面，乡镇退出农村社会，农村社会在乡镇退出后并未有内生力量的增长，而是出现了进一步离散化和无序化的趋势;另一方面，随着国家力量入侵乡村，农民往往在与乡村的互动中占据优势地位，比如，农民上访往往是令乡村干部极为头痛的事情，无论农民有理无理，只要他们上访，乡村干部都奈何不得。而一旦农民上访到县及以上部门，乡村干部就可能因为农民上访而受处分。因此，在当前乡村与农民的关系中，乡村往往表现得既软又硬。一个方面来看，乡村是很硬的，因为乡村掌握着资源及其分配的权力，可以做成很多事情，并且最终做成了很多事情;另一方面来看，乡村又相当软弱，因为乡村无法通过正当合法的途径来应对乡村治理中的困境，比如，无法应对无理上访、精神病人上访，无法应对钉子户等。当农民上访成本较低、风险较小时，农民就可能频频借用上访的手段向地方政府施压。由于上访代价较小，农民就可能借上访来谋取利益，形成上访专业户，上访受到激励，农村社会的任何矛盾与纠纷都可能借助上访逼迫政府解决。由此造成上访数量剧增，中央政府和地方政府难以应对。这是基层治理中遇到的新困境。