1917年，蔡元培将潜心多年的红楼梦索隐完成出版，题为《石头记索隐》。这是他对辛亥革命文化遗产的总结和对烈士的纪念，也是对新文化运动激烈反传统的一个善意劝谏。蔡元培自号孑民，孑民之意，正是以明朝遗民自况，他对于明季以来的汉文化传统有着温情的敬意，认为华夏传统文化可以为新政法秩序提供思想资源，作为教育国民争取民权的参考。《红楼梦》中有反满思想的说法，清末即有流传，蔡氏遂作此书予以总结。在蔡氏看来，倾覆满清光复华夏，这砥砺应当无处不在，凡中国人都读《红楼梦》，也都应看到这书绝不是小乘文艺，“满纸荒唐言，一把辛酸泪”，其实处处浸透华夏文化典章为夷狄腥膻摧斫的民族大恨。

　　《石头记》者，清康熙朝政治小说也。作者持民族主义甚挚。书中本事，在吊明之亡，揭清之失，而尤于汉族名士仕清者，寓痛惜之意。当时既虑触文网，又欲别开生面，特于本事以上，加以数层障幂，使读者有“横看成岭侧成峰”之状况。16

　　蔡元培以为《红楼梦》纯为一部寄托反清复明的影射之作，为了避开文字狱，作者上来就强调这书不会伤时骂世，只是大旨谈情，书中处处用了曲笔影射，而他推求出这些曲笔的方法有三：“一、品性相类者。二、轶事有征者。三、姓名相关者。”17蔡先生推求这些曲笔的方法，与清室文字狱稽索汉族文人反心反骨的方法，其实出于一辙，只不过满清夷狄君臣资质卤钝，勉强学到汉族文化的唾余，对华夏写意文字精妙之处的领悟，难望华夏宿儒蔡孑民之项背。所以他们无能读出《红楼梦》中无处不在的吊明之志，这书才在清初文网中侥幸以存。

　　总括来说，蔡元培在《红楼梦》中发现了三种影射：