1903年，年仅十八岁的热血青年邹容出版了轰动一时的《革命军》，开篇提出了杀尽满人的极端民族主义口号：“扫除数千年种种之专制政体，脱去数千年种种之奴隶性质，诛绝五百万有奇披毛戴角之满洲种，洗尽二百六十年残惨虐酷之大耻辱，使中国大陆成干净土。”13《革命军》甫经问世，章太炎、章士钊等人相继在《苏报》发表激进的仇满言论，终于引发清廷司法干预，邹容、章太炎均被捕入狱，邹容庾死于狱中。在《苏报》激进民族主义的狂热言论中，蔡元培发出了难得的理性声音。他认为“排满”应从文化而不是种族角度去理解，汉人满人随着通婚和社会变迁，血液混杂，风习相熏，在种族上早已成为一体，“吾国人一皆汉族而已，乌有所谓‘满洲人’者哉!”14 满族人和汉族人在种族上已经融为一体，只是满人在政治法律上享有种种不平等的特权，“故今日纷纷‘排满’之论，皆政略之争,而非种族之争也”。15他的理性声音在当时没有压过激进分子的狂热，但从文化上反思汉满之争，却在他持续的红楼梦研究中贯彻下去。

　　蔡元培怀着诚挚的爱国热情，这同他理性的学术气质不无冲突，他对于革命的理论依据是保持理性的，然而一旦要实行起来，却也坚决顺应时代的潮流。1904年，东京留学生秘密组成暗杀团，在横滨研制炸药，后转移上海，蔡元培加盟该团，以上海为据点在国内发展成员，章士钊、陈独秀等人相继加入。同年暗杀团改组为光复会，蔡元培任会长，以“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退”为誓词。次年，光复会会员吴樾暗杀清廷考察宪政五大臣，不果身亡。徐锡麟、秋瑾后来也在安庆、绍兴起事，相继光荣牺牲。