1632年，这本书得到了教会监察吏的许可后出版发行。但是，教会的权威人士很快就发现了伽利略仍在支持哥白尼的“日心说”，于是便一次又一次地把他押上宗教法庭。当时的伽利略已年近七旬，身患重病，体质虚弱。在宗教法庭上，他的精神和肉体受尽了折磨。1633年6月22日，他被迫双膝跪地发誓，哥白尼的理论纯碎是一派胡言乱语。他要“放弃、诅咒、痛恨”过去的种种错误，并保证以后永不宣传和谈到它，违犯了甘愿受死。伽利略刚宣布完他的誓言，就大声喊道：“不管怎么说，地球毕竟是在运动着的”。

　　这说明伽利略并没有放弃自己所坚持的学说。伽利略被判处终身监禁，监外执行。但他没有放弃科学，经过3年的顽强拚博，他又完成了一部巨著《关于力学和位置运动的两种新科学的对话和数学证明》。在书中，他大胆叙述了物体的各种运动和动力学有关的一些问题，为近代实验科学的发展，开辟了广阔的道路。这部书被偷运到荷兰出版时，伽利略已双目失明。伽利略的晚年境遇极为凄凉，只有他的女儿在他身边照料他。

　　1634年他的女儿先他而死，他更加孤独和痛苦。1642年1月8日这位终身为科学真理而斗争的伟大巨人含冤离开了人世。1983年，罗马教会终于为伽利略冤案公开平反，为此在罗马成立了一个由不同宗教信仰的著名科学家组成的委员会，它的宗旨是：“研究科学同宗教信仰的关系，伽利略案件的科学方面以及伽利略学说对现代科学的贡献。”