首先,不同类型生态补偿中保护成本的核算内容不尽相同。例如在森林生态补偿中，刘丽以陕西省蓝田县退耕还林为例,核算其保护成本（包括营林成本和森林管护成本）为1756.7万元，单位面积保护成本为2293.35元/hm2。在流域生态补偿中，许凤冉等对2006年新安江流域保护成本（包括林业建设投入、水土流失治理和生态移民投入）进行核算，结果为3.58亿元[31。在自然保护区生态补偿中，白宇就衡水湖国家级自然保护区（面积18787hm2)的保护成本进行核算,核算内容主要包括保护工程基本建设、基础设施建设、保护措施、科研监测、科普宣教以及湿地恢复与生态移民工程投入,2004-2020年其保护成本为21478万元，年均保护成本为1263.41万元，单位面积保护成本为每年6.72元/hm2。

　　其次，由于保护成本具有不确定性,确定其核算内容时需要全面考虑,而同一类型生态补偿保护成本的核算目前还没有形成统一、明确的核算内容和指标体系。如同样是对森林生态补偿中保护成本进行核算,李炜等主要考虑管护成本（主要为管护人员的工资支出）和营林成本（主要是更新改造支出、森林抚育支出、森林病虫害防治、森林防火等费用），核算出2011年伊春林管局所辖森林的保护成本为32876.4万元,按禁伐区、限伐区及商品林区面积合计289.90万hm2测算，单位面积保护成本为113元/hm2。而TobiasWunscher等在哥斯达黎加的森林生态补偿研究中，测算的保护成本仅考虑建设防火带、隔离牛的栅栏及生态补偿项目公示牌而产生的费用，通过对每个斑块的调查与计算得到平均保护成本为每年3.56美元/hm2。此外,在确定保护成本核算内容时还存在随意性大，主观性强等问题，导致结果差异很大。如同样是对南水北调中线丹江口水库核心水源区所在的十堰市进行保护成本的核算，Dong,Zhengju等核算了林业建设、水土流失治理和生态移民三个方面,得到2011-2020年保护成本为29.01亿元,年均保护成本为2.90亿元;而张君等主要核算林业建设投入（人工造林和森林抚育方面投入），得到2011-2015年十堰市投入的保护成本为21573万元，年均保护成本为4314.6万元。

　　综上所述，确定合适的保护成本的核算内容,取决于对当地生态建设与保护措施的了解程度和资料的收集、掌握情况,并且需要避免重复统计。现有研究中多是将退耕还林,公益林生态效益补偿，天然林保护工程等的投入直接当作是林业建设投入，并认为是保护成本而进行核算。而事实上退耕还林、公益林生态效益补偿，天然林保护工程是已经发生的生态补偿项目，并且已经实施相应的补偿资金。如果直接将这些已发生的生态补偿项目的投入当成保护成本统计的话,则保护成本出现重复统计的情况并导致结果偏大。笔者认为保护成本的核算必须围绕保护成本的定义与内涵来确定,如退耕还林中，造林费、肥料费、管护费、封山育林费等均属于保护成本,而国家发给衣民的退耕补助金（粮食补助资金、种苗费、生活费补助）不应重复算在保护成本内。而在自然保护区生态补偿中，由于自然保护区本身就是为保护生态系统而建立的，故保护区内管护人员的工资福利等都应属于保护成本来进行核算。

　　4保护成本的核算方法及时间动态性

　　4.1核算方法

　　从数据获得的角度看,保护成本核算的主要方法是直接市场法中的市场价值法。从时间的角度看，由于生态保护和建设的周期较长，保护成本的核算需要考虑时间因素，由此可以划分出静态核算法和动态核算法，这两种方法经常结合使用。

　　4.1.1市场价值法

　　由于保护成本多是已经发生的，故其核算比较简单，明确，且可靠性强。通常采用直接市场法中的市场价值法,将某地为保护生态系统投入的人力、物力以货币的形式计算出来。在核算时应根据具体的投入形式采取合理的方法。核算人力投入可以参照国家或地区的人力资源成本来计算总投入额,核算物力投入则可以直接根据各种物资的市场平均价格来计算总投入额。具体操作时，以生态保护的实际投入数额为依据,原则上对有资料记载的,按历史成本即初始投入时所付出的成本为依据；对无法取得数据资料的,则按当时的市价进行估算。

　　4.1.2静态核算法与动态核算法

　　静态核算是将某一年的生态保护各种投入作为保护成本,或将一个时间段内生态保护的各种投入累计作为保护成本总额,再平均分配到补偿期的各个年度,静态核算方法比较适合于应用在对未来投入成本的计算中。史晓燕等通过静态核算法，核算了2006-2009年东江源区三县4年投入的总保护成本（森林建设投资、草地建设投资、湿地保护投资、水土流失防治与治理费用、水源涵养林建设与管理费用、生态移民安置费用以及生态衣业示范区建设总投资）14.31亿元,年均保护成本为3.58亿元。

　　动态核算是指设定核算基准年,考虑生态保护的各项投入从核算初始年到基准年之间的时间效应,即在计算补偿标准时考虑资金的机会成本。动态核算方法比较适合于对已经发生的生态保护成本进行核算[8]。刘玉龙指出生态保护历年的各种累计投入并不是各年投资的简单累积,而应当考虑资金的时间效应。因为，如果资金不投在这里,而投入社会其他生产领域或是存入银行，它将获得合理的盈利或利息。所以，到基准年时，总保护成本即为

　　各年投资及其盈利或利息之和:计算公式为:C=ict(1+t=1i)T-1+1,其中C为总保护成本;Ct为第t年投入的费用（万元）；T为连续投入费用的累计年数；i为社会折现率或资本的机会成本。张乐认为动态核算法能更好地反映某地区过往年份生态建设的实际情况，某一年期末的总保护成本现值计算公式为：C=ict(1+m),其中C为总保护t=1成本;Ct为第t年投入的费用（万元）；T为连续投入费用的累计年数;n表示计算周期，n=T-t;i为银行利率M。张乐通过动态核算法核算了2003-2006年淠史杭流域上游地区的保护成本,将4年各地区的保护成本（主要包括林业建设与维护以及水土流失治理）贴现到2006年后,得到4年来淠史杭流域上游地区投入的保护成本为13361.3万元。

　　4.2保护成本的时间动态性

　　在当前,对我国已经发生的保护成本投入进行历史性补偿存在操作上的难度。同时，历史性保护成本的投入由于资料的欠缺，可能无法准确的核算。因此，需要确定保护成本的核算年限，以一年或某一时间段内发生的保护成本投入进行核算。生态补偿是一个长期的,连续的，动态的过程,其补偿标准不应是个固定不变的值，在补偿实践中应充分考虑其动态性特点。从目的看，保护成本的`核算是为生态补偿标准的制定服务的,所以也必须考虑保护成本的动态性特点。首先保护成本是随着市场价格的变化动态调整,其次对于持续时间长的生态补偿项目，其保护成本的核算还必须考虑通货膨胀可能造成的贬值。因此,考虑资金的时间效应的动态核算法更好的反应保护成本的实际情况,而动态核算法中多是使用银行利率产生的利息来代替资金的机会成本[18，36],通过银行利率产生利息的计算则又涉及单利或是复利计算的选择,以及计息周期和银行利率的确定。