后来关东的军队起事，原冀州刺史李邵家住在野王，靠近山势险要的地方，他打算迁居到温地。司马朗对李邵说：“唇齿相依的比喻难道只是指虞国和虢国吗？温地和野王两地也正是这样；现在您离开那里而居住到这里，只是躲避早上灭亡的时刻罢了。况且您是郡国百姓中享有名望的人，现在敌寇还没有到来您就先迁走，依傍山地的各县百姓必定发生骚乱，这样就会动摇民心而成为违法乱纪的根源，我私下为郡内百姓的安危感到担忧。”李邵没有听从他的劝告。沿山一带的百姓果然发生骚乱，他们向内迁徙，有的还进行抢劫。

　　这时董卓迁移天子改都长安，董卓仍留在洛阳。司马朗的父亲司马防担任治书御史，应当向西迁移，因为天下各地纷乱如云，就派司马朗带着家属返回本县。有人告发司马朗打算逃跑，把他抓起来送到董卓那里，董卓对司马朗说：“你和我死去的儿子同岁，怎么这样辜负我！”司马朗于是就说：“您凭借高出世俗的美德，恰逢天下遭遇灾难的机会，清除众多的恶人，广泛推举贤能的人才，这确实是您的虚心纳下，殚精竭虑的结果，（这样下去）将会出现兴旺以致大治的局面。您的威势和德行因此盛大，您的功勋和业绩因此显著，然而战争灾难一天天兴起，各州郡纷乱不安，郊野四境之内，百姓不能安居乐业，他们抛弃了住房财产，到处流浪逃窜，虽然四面的关口设卡制止，对逃亡的人加重刑罚惩治，但仍然不能禁绝止息，这就是我忧愁不安的原因。”

　　司马朗知道董卓必定败亡，害怕自己被留下，就分送财物给董卓手下管事的人，请求返回故乡。他回到故乡后对父老们说：“董卓犯上作乱，被天下人仇恨，这正是忠臣义士发奋有为的时候。我们郡和京城境界相连，洛阳城东面有成皋，北面毗连黄河，天下兴起义兵的人们如果不能前进，那情势必然使他们停留在这里。这里是军队四分五裂交战争夺的地方，很难使自己安居下去，不如趁现在道路还可以通行，带领整个宗室向东迁往黎阳。黎阳有军营，赵威孙过去同我们乡里有姻亲，担任监营谒者，统领军队，足可以做我们的首领。如果以后有变化，再慢慢观望也不晚。”父老们留恋故土，没有跟着司马朗迁走的，只有同县的赵咨，带着家眷一起和司马朗迁往黎阳。几个月后，关东各州郡起兵，聚众几十万人，都集结在荥阳、河内一带。将领们不能统一行动，放纵士兵抢掠，被杀死的百姓近一半。过了很久，关东的兵散去，太祖和吕布在濮阳一带相互对峙，司马朗才带着家人回到温地。这一年发生大饥荒，出现了人吃人的现象，司马朗收留抚恤宗族里的人，教育自己的弟弟们，不因为是衰乱时期就放松学业。建安二十二年，因患病去世，当时四十七岁。