宪宗即位，世祖以太弟的身份镇守金莲川，有权设立衙署和任命官员。于是在汴梁设立河南道经略司，奏请任命杨惟中为经略使，让他在唐、邓、申、裕、嵩、汝、息、亳、颍等州屯田。刚灭金时，由监河桥万户刘福为河南道总管，刘福贪婪残酷，欺压残害金朝的遗民二十多年。杨惟中到任后，召刘福来听训，刘福称病不来。杨惟中在座位上放了大木棒，又召他，让人对刘福说：“你不听命令，我就要以军法来处治。”刘福不得已，有数千人护卫着来见杨惟中，杨惟中便手握大棒将他打倒。几天后刘福死了，河南由此清明安定。杨惟中改任陕右四川宣抚使。当时各部队的将领横行奢侈，侵害百姓，有个叫郭千户的尤其厉害，杀人之夫而抢夺其妻，杨惟中将其处死示众，关中于是秩序安定。杨惟中对人说：“我并非喜欢杀戮，国家没有法纪，致使这种贼人残害百姓，百姓们无处控告，就算我不想除掉他们，行吗？”

　　己未年，世祖统率东路军，奏请任命杨惟中为江淮京湖南北路宣抚使，让他建立行御史台，因在世祖之先启行，宣布朝廷的恩泽信誉，蒙古、汉军的各部队将领都听从他的节制。部队返回时，杨惟中在蔡州去世，时年五十五岁。