当时高拱执政，路楷、杨顺因为诬陷并杀害了沈炼而判死罪。高拱想改变路楷的处境，称杨顺是祸首，杨顺处死，路楷可以不处死。舒化将狱案文件向高拱展示说：“案狱中本来没有沈炼的姓名。他的姓名被加入，从路楷开始。路楷的确是祸首。”高拱又提议宽恕方士王金等人的罪过，舒化说：“这是先帝的遗诏的指示，假如想免罪，应该怎么解释？”与高拱相抵触，被贬出京城任陕西参政。

　　万历初年，晋升为太仆少卿。后由南京大理卿召至京都担任刑部左侍郎。平定了云南、缅甸的乱贼，皇帝驾临于午门楼察看俘虏。舒化宣读奏词，声音洪亮，抑扬顿挫，皇帝的目光盯着他。遇上刑部尚书空缺，皇帝亲拟诏令录用舒化。舒化上奏称：“陛下的仁慈出自天性。请求申命大小臣僚，让他们各自遵守律法条例，不要滥施酷刑。《大明律》一书，高皇帝在两厢房中阅览，亲手更改、审定。现在还没有经过详细审议的案子就命令从重治罪，已经审定了的案子又下诏指令加罪而后斩杀，这就是说律法不值得为根据。去年冬天不按时节下雨下雪，灾异频繁出现，过错就在此处。”皇帝下褒扬的诏书答复他。

　　万历十四年(1586)他响应诏令上奏陈述。请求皇帝讲求诏令的信用，使狱案诉讼清廉，迅速审讯定罪，严格检验，禁止冤屈和滥施刑罚，而以恪守天条、安抚百姓、回归本源的圣心。皇帝接纳并嘉奖了他。皇帝顾虑手下的大臣进行欺骗，间或有人揭发，就派遣官吏去加以逮捕，搜取证据，文书累叠积压。舒化称：“主上治政法则贵在抓住纲要，不应当侵扰相关部门；徒然使人将过失归咎于皇上，而下属反而借机掩饰过失。”于是他多次上疏请求回乡，皇帝不同意。不久他称病重，于是回到家乡。去世后，赠封为太子少保，谥号庄僖。