后来又起家复出任益州刺史，不久因病辞官。又被征为博士、谏大夫。当时宣帝极力效法武帝，恢复了武帝时的典章制度，宫室、车乘、服饰等都超过昭帝时的规模。这时，许、史、王等几家外戚也因得宠而尊贵，宣帝亲自处理政事，并任用能干的官吏。王吉上疏评论其得失说：“汉朝各诸侯王娶公主，诸侯王国中的国人娶诸侯之女，这种制度使男人事奉女人，丈夫屈服于妻子，颠倒了阴阳之序，所以容易发生由女人引起的祸端。古时候，衣服车马依据其拥有者地位的高低贵贱都有一定的规定，用以表彰贤德之人，区别上下尊卑，现今却上下僭越混乱，人人自行其是，没有一定的节度，因此人们贪图财货、追逐私利而不惜冒生命危险。周朝能够安定太平，刑法搁置而不用的原因是它将奸邪扼杀在昏暗之中，将罪恶遏止于尚未产生之时。虞舜、商汤不任用三公九卿的世袭子弟，而选拔皋陶、伊尹为臣，这样那些谗佞不仁之人就被疏远了。如今允许官吏的子弟蒙荫为官，他们大多骄傲蛮横，不了解古今之事，至于积累功绩，治理民众，却无益于百姓，这就是《诗经·伐檀》篇中所讽刺的现象。”王吉上疏的核心思想大体如此，皇上认为他的言论不切合实际，因此不太看重他。王吉于是借口身体不适，返回家乡琅邪。

　　王吉与贡禹是好朋友，世人称“在朝为官，贡禹也将入仕”，就是说他们两人进退志趣相同。汉元帝即位不久，派使者征召贡禹和王吉入朝。王吉因为年纪大了，在途中染病而亡，汉元帝哀悼他，又派出使者吊祭。