苏轼入仕不久，即回乡丁父忧，回朝时正值王安石变法。可以说，苏轼前半身与王安石的纠葛恰恰在两人对变法的态度上。王安石时任副宰相，是坚定不移的变法派领袖;而苏轼对变法的态度则是动摇不定的，他希望改革在不引起剧烈变动的条件下施行，并主要通过社会各阶层的自觉努力调整与道德完善来改变社会的衰败。因此，当王安石推行新法，从变更政治、经济制度入手实行改革时，他便随反对新法的领衔人物司马光一同，站在反对派的立场上，与王安石成为政敌。

　　熙宁二年(1069年)，王安石推行青苗、均输、市易等新法后，准备变更科举制度，请求兴办学校，在科举考试中罢除诗赋等科目，专以经义、论、策来考试。宋神宗犹豫再三，召集了许多大臣讨论。而苏轼随即上《议学校贡举状》，论述贡举之法行之百年不可轻改，得到宋神宗的召见。王安石听说后，很不高兴。后来，宋神宗想让苏轼编修中书条例时，王安石强烈反对，他说：“轼与臣所学及议论皆异，别试以事可也。”王安石知晓苏轼直言不讳的个性，偏偏又站在旧派的立场，当神宗几次准备用苏轼当谏官时，王安石便推荐他做个府推杂事的小官。苏轼在任开封府推官期间，又上了《上神宗皇帝书》、《再上神宗皇帝书》，直言反对新法，主张“结人心、厚风俗、存纲纪”，甚至还有许多“四海骚动，行路怨咨”之类的敏感语句，使得王安石更加恼怒。而后，最使王安石忍无可忍的，还是苏轼的《拟进士对御试策》，其中提到“晋武平吴，独断而克;苻坚伐晋，独断而亡;齐桓专任管仲而霸，燕哙专任子之而败;事同功异”，变法的最大支持者即是皇帝，苏轼出的这道题，影射了神宗与王安石变法过程中不顾阻挠似的“独断”。这次王安石终究是被激怒了，他向神宗举荐说：“轼才亦高，但所学不正……请黜之。”几天之后，他又对神宗说：“如轼者，不困之使自悔而绌其不逞之心，安肯为陛下用!”可见王安石在被激怒的情况下，依然是爱惜人才的。恰巧朝中有人告发苏轼兄弟运父灵回乡的过程中偷运私盐，于是王安石下令调查，并拘捕了相关人员讯问。虽然后来查明此事纯为虚有，但经历了这一次又一次的冲突，苏轼觉得自己已无法在朝廷中待下去了，于是请求外放，出任杭州太守。