他对佛理的精深理解反过来又使他独具慧眼，能对佛教内部以及儒教中人对佛教的错误认识和作法有着特别清晰的认识，并能明白地加以剖析。他对禅宗内部南北两派的内斗，以及“狂禅”一派的邪误作法有清楚的叙述：“故传道益微而言禅最病。拘则泥乎物，诞则离乎真。真离而诞益胜。故今之空愚失惑纵傲自我者，皆诬禅以乱其教。…空有互斗，南北相残。”“而今之言禅者，有流荡舛误，迭相师用，妄取空语，而脱略方便。颠倒真实，以陷乎己，而又陷乎人。”他在《南岳大明寺律和尚碑》的《碑阴》上指出，许多高僧在圆寂时都有异象产生。比如夜晚间突现光明，有仙音妙乐，“笙磬之音”，周围的许多人都能看到和听到。这类事实很多，而“儒者”却视而不见、听而不闻，闭口不谈。

　　北宋时有位“儒释兼通，道学纯备”的“长老”，准备好了碑石，来请苏东坡书写柳宗元为六祖慧能作的碑铭(旧碑残破后要立新碑)。据他声称，“自唐至今，颂述祖师者多矣。未有通亮简正如子厚者。”苏东坡也说，“柳子厚南迁，始究佛法。作曹溪南岳诸碑，妙绝古今。”说柳宗元的碑铭“妙绝古今”没有错，但说他“南迁”之后“始究佛法”则是不对的。根据柳宗元的自述，“吾自幼好佛，求其道，积三十年。世之言者罕能通其说。于零陵(即永州)，吾独有得焉。”原来对于佛教，他竟然是一位“幼儿学”，有着“三十年”的钻研和探求。可惜一直没有碰到过使他心服的精通佛法的人，直到贬官永州后才有了重大的突破和收获。到永州后，除了身世遭遇迫使他进一步去深思几十年来学佛过程中不解的问题外，他与佛教高僧巽上人的交往对他真正走入佛教修炼起了很大的推动作用。